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Text File  |  1995-07-25  |  1.9 KB  |  43 lines
  1. ***************************
  2. * Protein secY signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. The eubacterial secY protein [1] plays an important role in protein export. It
  6. interacts with the signal sequences of  secretory proteins as well as with two
  7. other  components of the protein translocation system: secA and secE.  SecY is
  8. an integral  plasma membrane protein  of  419 to 492  amino acid residues that
  9. apparently  contains ten  transmembrane  segments.  Such  a structure probably
  10. confers to secY a 'translocator' function, providing a channel for periplasmic
  11. and outer-membrane precursor proteins.
  12.  
  13. Homologs of  secY  are  found in archaebacteria [2].  SecY  is also encoded in
  14. the chloroplast  genome  of  some algae [3]  where  it  could be involved in a
  15. prokaryotic-like protein  export  system  across  the  two  membranes  of  the
  16. chloroplast endoplasmic reticulum (CER) which  is  present in  chromophyte and
  17. cryptophyte algae.
  18.  
  19. We have  developed  two   signature patterns  for  secY  proteins.  The  first
  20. corresponds to   the second  transmembrane region, which is the most conserved
  21. section of  these proteins. The second spans the C-terminal part of the fourth
  22. transmembrane region,   a short intracellular loop, and the N-terminal part of
  23. the fifth transmembrane region.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [GST]-[LIVMF](2)-x-[LIVM]-G-[LIVM]-x-P-[LIVMFY](2)-x-A-
  26.                     [GS]-[LIVMFA](3)-Q-[LIVMFA](2)
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [LIVMFYW](2)-x-[DE]-x-[LIVMF]-[STN]-x(2)-G-[LIVMF]-[GST]-
  31.                     [NS]-G-x-[GST]-[LIVMF](3)
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Last update: December 1992 / First entry.
  36.  
  37. [ 1] Ito K.
  38.      Mol. Microbiol. 6:2423-2428(1992).
  39. [ 2] Auer J., Spicker G., Boeck A.
  40.      Biochimie 73:683-688(1991).
  41. [ 3] Douglas S.E.
  42.      FEBS Lett. 298:93-96(1992).
  43.